Lilleskolerne arbejder på et pædagogisk grundlag, der hverken er ideologisk, politisk eller religiøst. Skolesynet tager udgangspunkt i, at opdragelse og undervisning er to sider af samme sag. Man tager udgangspunkt i barnet, dets forudsætninger, udvikling og de lærerprocesser, skolen gerne skulle danne rammen om. Barnet betragtes som et ligeværdigt menneske i skolen og dialogen og nærværet er i centrum. Der lægges stor vægt på tæt samarbejde mellem forældre, lærere og elever.