Ærøfærgerne har som sit primære formål, at forestå færgetrafikken mellem Ærø og Fyn/Als, hvor selskabet står for besejlingen af de tre ruter. Søby - Fynshav med færgen EF Ellen - Søby Faaborg med færgen "M/F Skjoldnæs" og Ærøskøbing - Svendborg med færgerne "M/F Ærøskøbing" og "M/F Marstal". Se priser og sejlplaner på hjemmesiden.